1、发证机构不同：小产权房的房产证由乡镇政府颁发，职工并没有实际的产权;大产权房的房产证由国家颁发，被国家认可和接受。
2、交易限制不同：职工想要转让小产权房的话，必须在购买五年之后才能够进行;职工可以自由出售或转让大产权房，没有时间上的限制。
3、土地归属不同：小产权房的建设用地一般是归乡政府集体所有，并且这类房产只能由这个乡的村民购买居住;大产权房的用地是由国家（也就是当地政府）划拨或者转让的，销售对象可以是任何人。
4、交易费用不同：购买小产权房之后，若要再转让，必须补交土地出让金，否则便不能够上市交易;购买大产权房之后，购买者可以自由进行使用、出售或转让，不用补缴任何费用。
大产权房和小产权房的定义
大产权房：由国家颁发产权证的叫做大产权房，包括40年产权、50年产权和70年产权。我们平时购买的普通商品房，都属于大产权房。
小产权房：不是由国家颁发产权证的叫做小产权房。小产权房分为3种：
①在集体建设用地上建成的，即宅基地上建成的房子，只属于该农村的集体所有者，非本村的市民不能购买。
②在集体企业用地或者占用耕地违法建设的房子。
③各类农业园或养老院的别墅。
小产权房的弊端
1、缺少“五证”。“五证”是消费者取得房产证的先决条件，即具备国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证及商品房销预售许可证。包括城中村改造在内的房地产项目，如果没有“五证”是不能办理房产证的。尽管“小产权房”一片热销，但众多业内人士却认为，“小产权房”存在诸多风险，最大的问题就是没有产权，不受法律的保护。
2、质量难保证。房屋质量没人监督，一些开发商为赚钱会偷工减料，存在安全隐患。小产权房一般由土地所在村开发，除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
3、拆迁难补偿。小产权房实际上属于在政府规定范围以外的违章建筑，如果和国家的规划相冲突，还很有可能被拆除，而且业主也不会得到拆迁安置补偿。
4、配套不完善。小产权房不能保证社区内的相关配套设置建设，甚至暖气天然气等基础配套都不能保证。
5、遗赠麻烦、不能买卖。由于缺乏产权，未来在遗产继承时也会遇到许多麻烦，也不能进行房屋买卖。
